Protejată de o carapace de piatră, Biblioteca de Carte Rară și Manuscrise Beinecke este una dintre cele mai importante colecții de manuscrise rare din lume. Deschisă în 1963, biblioteca este renumită pentru fațada sa de marmură translucidă și pentru turnul de sticlă renumit la nivel mondial adăpostit în interior – o amenajare dramatică rezultată din cerințele particulare ale unui depozit pentru artefacte literare.
Acest design unic, aparținând în mare măsură liniei moderniste, dar în contrast cu stilurile revivaliste ale restului campusului Yale, a devenit apreciat doar datorită trecerii timpului; aceleași alegeri îndrăznețe care acum sunt celebrate au fost odată văzute ca un motiv de dispreț și indignare.
O preocupare principală în designul bibliotecii a fost controlul luminii. Era necesară o iluminare ambientală suficientă pentru a permite clădirii să servească ca loc de studiu și lectură; cu toate acestea, expunerea la lumina solară ar putea deteriora textele păstrate cu grijă în colecție. Compromisul lui Bunshaft a fost să construiască fațada din panouri de marmură care, la o grosime de doar 1¼" (aproximativ 3 cm), permit pătrunderea unei anumite cantități de lumină în interior fără a deteriora colecția.
Din exterior, marmura albă cu vinișoare gri pare rece și impenetrabilă, dar din interior, lumina soarelui face ca piatra să strălucească cu un nivel surprinzător de căldură. Panourile de marmură sunt plasate într-un cadru grilaj din granit gri deschis din Vermont. Un sistem de grinzi prefabricate din oțel este ascuns în interiorul granitului, transferând greutatea fațadei către cei patru piloni uriași de beton care se află la fiecare dintre cele patru colțuri ale sale. Acest sistem structural permite ca holul de la parter să fie aproape complet vitrat, oferindu-le celor din piața din fața bibliotecii o privire asupra tezaurului ascuns în interiorul cutiei.
Vizitatorii Bibliotecii Beinecke intră printr-o ușă rotativă de sticlă la nivelul solului. Două scări laterale duc la mezanin; direct în față, însă, se află inima ascunsă a bibliotecii. Adăpostit în siguranță în interiorul carcasei de marmură se află un turn de sticlă de șase etaje, plin cu rafturi de cărți rare. Legate în piele și, în unele cazuri, chiar aurite, există aproximativ 180.000 de volume în interiorul coloanei de sticlă, expuse cu mândrie, deși accesibile doar personalului bibliotecii.
Sub piața bibliotecii se află două etaje suplimentare care conțin restul colecției, care cuprinde 320.000 de volume și câteva milioane de manuscrise. Aceste niveluri subterane găzduiesc, de asemenea, zonele de lucru ale bibliotecii, inclusiv o sală de lectură, birouri și săli de clasă. Lumina naturală pătrunde în nivelurile subsolului printr-o curte adâncită asemănătoare unui scriptorium de claustru. Curtea dispune de o grădină sculpturală proiectată de sculptorul Isami Noguchi, care a folosit exclusiv marmură albă în respect față de geometria bibliotecii în sine. Trei forme sculptate ocupă grădina fără plante: o piramidă reprezentând geometria pământului și a trecutului, un disc reprezentând soarele și un cub asemănând hazardul prin aruncarea zarurilor.